Optik yollarına göre iki tip floresan mikroskop vardır.
1. Transmisyon floresan mikroskobu: Uyarma ışık kaynağı, floresanı uyarmak için bir yoğunlaştırıcı mercek içinden numune materyalinden geçirilir. Yaygın olarak bir karanlık alan toplayıcı kullanılır ve aynayı ayarlamak için sıradan bir toplayıcı da kullanılabilir, böylece uyarma ışığı yeniden yönlendirilir ve numuneye baypas edilir. Bu daha eski bir floresan mikroskobu. Avantajı, floresansın düşük büyütmede güçlü olmasıdır, ancak dezavantajı, büyütmenin artmasıyla floresansın azalmasıdır. Bu nedenle, daha büyük numune malzemelerini gözlemlemek daha iyidir.
2. Epi-floresan mikroskobu, modern zamanlarda geliştirilen yeni bir floresan mikroskobu türüdür. Aradaki fark, uyarma ışığının objektif mercekten numunenin yüzeyine düşmesidir, yani aydınlatma kondansatörü olarak aynı objektif merceğin ve flüoresan toplamak için objektif merceğin kullanılmasıdır. Işık yoluna, hafif uranyumdan 45 derece uzakta olan bir dikroik ışın ayırıcının eklenmesi gerekir. Uyarma ışığı objektif merceğe yansıtılır ve numune üzerinde toplanır. Numune tarafından üretilen floresan ve objektif merceğin mercek yüzeyi ve kapak camı yüzeyi tarafından yansıtılan uyarma ışığı aynı anda objektif merceğe girer ve uyarma ışığını floresanstan ayırmak için iki renkli ışın ayırıcıya geri döner , artık uyarma ışığı bloke edici filtreler tarafından emilir. Farklı uyarma filtresi/iki renkli ışın ayırıcı/engelleme filtresi kombinasyonuna geçmek gibi, farklı flüoresan reaksiyon ürünlerinin ihtiyaçlarını karşılayabilir. Bu tür bir floresan mikroskobunun avantajı, görüş alanının aydınlatmasının tekdüze olması, görüntülemenin net olması ve büyütme ne kadar büyük olursa, floresansın o kadar güçlü olmasıdır.
