Işık ve elektron mikroskopları birbirinden farklıdır. Benzer terimlerin varyasyonlarını karşılaştırın.
Optik mikroskop yalnızca hücre duvarları, kloroplastlar, etiketli kromozomlar, mitokondri, çekirdekler vb. gibi belirli hücre yapılarını görebilirken, elektron mikroskobu tüm hücre yapılarını gözlemleyebilir. Basitçe söylemek gerekirse, bir ışık mikroskobu bir hücrenin mikroskobik yapısını ortaya çıkarabilirken, bir elektron mikroskobu onun mikroskobik yapısını ortaya çıkarabilir.
Büyütme birincil ayrımdır. Ne kadar yakınlaştırma kullanılırsa kullanılsın, optik mikroskoplar, insan gözünün ötesini ayırt edemeyeceği maksimum bir büyütmeye sahiptir. y(min)=0.61*dalga boyu / (n*sinu) n*sinu yağa daldırılmış olsa bile maksimum yaklaşık 1.5'tir ve kalan miktarlar dalga boyunun boyutuna bağlıdır. Bu nedenle, bir optik mikroskobun maksimum büyütmesi yaklaşık 1000 kat olduğu için yakınlaştırma boşunadır. Elektron mikroskobu görüntülemede kullanılan elektron ışınlarının dalga boyu, görünür ışığınkinden önemli ölçüde daha kısa olduğu için, küçük ayrıntıları çözerek birkaç milyona kadar büyütmeye izin verebilirler.
