Floresan mikroskopları optik yol prensibine göre iki türe ayrılabilir:
1. Şanzıman floresan mikroskobu
Eski floresan mikroskopları, uyarma ışık kaynağını numune malzemesinden geçirerek floresanı heyecanlandırmak için bir spot ışığı kullanır. Avantajı düşük büyütmede güçlü floresandır, ancak dezavantajı, artan büyütme ile floresansının azalmasıdır. Bu nedenle sadece daha büyük örnek malzemeleri gözlemlemek için uygundur.
2. Düşen hafif floresan mikroskop
Uyarma ışığı, aydınlatma kondansatörü ile aynı objektif lens ve floresan toplamak için objektif lens kullanarak nesnel lensden numunenin yüzeyine düşer.
Optik yola, optik eksenle 45 derecelik bir açı oluşturan bir çift renk ışını ayırıcı (dikroik ayna) eklenmelidir. Uyarma ışığı objektif lense yansır ve numuneye odaklanır. Numune tarafından üretilen floresan ve objektif lensin yüzeyinden yansıtılan uyarma ışığı ve cam camın aynı anda objektif lensi girin ve uyarma ışığını ve floresanı ayırmak için çift renk ışını ayırıcısına geri dönün. Kalıntı uyarma ışığı daha sonra filtre emilimi ile bloke edilir. Farklı uyarma filtreleri, çift renk ışını ayırıcıları ve bloke etme filtreleri kombinasyonları kullanılırsa, farklı floresan reaksiyon ürünlerinin ihtiyaçlarını karşılayabilirler.
Bu floresan mikroskobunun avantajları, eşit alan aydınlatması, berrak görüntüleme ve daha büyük büyütme ile daha güçlü floresandır.
3. Faz kontrast mikroskopu
Faz kontrast mikroskobu, ışık bir nesneden genlik (ışık yoğunluğu) değiştiğinde üretilen faz farkını (veya optik yol farkını) dönüştürebilen bir mikroskoptur. Esas olarak canlı hücreleri, boyanmamış doku kesitlerini veya kontrastlı lekeli örnekleri gözlemlemek için kullanılır.
İnsan gözü sadece dalga boyundaki (renk) ve görünür ışığın genliğindeki değişiklikleri ayırt edebilir, ancak fazdaki değişiklikleri ayırt edemez. Çoğu biyolojik örnek oldukça şeffaftır ve ışık dalgalarının genliği, geçtikten sonra sadece faz değişiklikleriyle değişmeden kalır.
Faz kontrast mikroskobu temel olarak örnekten geçen görünür ışığın optik yol farkını genlik farkına dönüştürür, böylece çeşitli yapılar arasındaki kontrastı iyileştirir ve onları net ve görünür hale getirir. Örnekten geçtikten sonra, ışık orijinal optik yoldan sapan ve 1/4 λ (dalga boyu) geciken kırılmaya maruz kalır. Optik yol farkı başka bir 1/4 λ ile arttırılırsa veya azalırsa, optik yol farkı 1/2 λ olur ve eksen birleştirildikten sonra iki ışık ışını arasındaki parazit artar veya azalır ve kontrastı iyileştirir.
